I sintomi della celiachia nei bambini sono molto diversi in base alla tipologia di malattia (celiachia tipica o celiachia atipica).
Nella celiachia tipica il sintomo principale è la diarrea: le feci sono liquide, abbondanti, maleodoranti, lucide, chiare, acquose; il numero delle evacuazioni è notevole, anche se talora può essere presente una sola evacuazione giornaliera abbondante.
In alcuni casi particolarmente rari nei bambini la diarrea può essere molto acuta con la conseguente disidratazione del bambino (crisi celiaca). A questi sintomi possono associarsi anoressia, dolori addominali, vomito, calo di peso. Il bambino può presentare un addome gonfio e arti inferiori e glutei molto magri; talora sono presenti edemi sulle gambe e sulle palpebre.
Ma diarrea e calo di peso non sono che i sintomi "fisici" della malattia, ce ne sono anche di psichici: accede molto spesso che i bambini cominciano a chiudersi in se stessi, appaiono stanchi, introversi.
Nella celiachia atipica si verifica invece l'essenza di diarrea (fino ad arrivare alla stipsi), ma appaiono invece i sintomi del malassorbimento delle sostanze nutritive: anemia, crescita ritardata, bassa statura, osteoporosi, dolori addominali, afte, alopecia.